A exploração usa uma visão superior para percorrer cidades, áreas e masmorras. O objetivo é cumprir missões, investigar a crise do Mundo Digital e fortalecer a equipe para enfrentar adversários cada vez mais difíceis.

As batalhas são por turnos, com até três Digimon ativos e outros na reserva. O jogador escolhe ataques, técnicas, itens e defesa, administrando atributos, tipos, equipamentos e custo das técnicas. Digimon podem ser recrutados, escaneados, regredidos, evoluídos e treinados nas fazendas. Experiência, missões, equipamentos e requisitos de evolução determinam o progresso.

Monte uma equipe equilibrada com diferentes atributos, tipos de ataque e técnicas de suporte. Uma composição variada lida melhor com as defesas dos inimigos.

Use as fazendas para melhorar atributos e cumprir requisitos de ABI. Regredir um Digimon pode abrir caminhos evolutivos melhores; salve antes de decisões importantes e mantenha vários Digimon para atender aos requisitos das missões.