O jogador explora áreas conectadas em uma perspectiva superior, conversa com personagens, aceita missões, coleta itens e abre novos caminhos. Encontros aleatórios e eventos da história levam a batalhas por turnos.

Os Digimon podem ser recrutados, treinados, equipados e organizados em uma equipe. Os comandos incluem ataques, técnicas, itens, defesa e troca de membros. Digivolution e de-Digivolution permitem seguir diferentes caminhos de crescimento. A Digi-Farm também serve para treinar e administrar parceiros armazenados.

Monte uma equipe equilibrada com atributos e tipos de ataque diferentes. Treine vários Digimon para ter substitutos quando uma fraqueza for explorada ou quando uma Digivolution exigir condições específicas.

Confira os requisitos antes de fazer uma Digivolution. Alguns caminhos exigem níveis, atributos ou técnicas determinados; a de-Digivolution ajuda a preservar formas alternativas e opções futuras.