O jogo alterna entre uma visão estratégica superior e combates táticos isométricos por turnos. O jogador contrata mercenários, distribui equipamentos, viaja entre setores e administra saúde, cansaço, munição e moral.

Pontos de ação são usados para mover-se, atirar, mudar de postura, recarregar, lançar objetos e interagir com elementos. A campanha segue uma sequência estruturada de operações, em vez do modelo de conquista territorial ampla de Jagged Alliance 2. Os mercenários ganham experiência e melhoram atributos e habilidades.

Guarde pontos de ação para reagir, em vez de gastá-los todos no deslocamento. Use cobertura, posição agachada, escuridão e rajadas controladas para reduzir o dano recebido.

Mantenha as armas reparadas, leve a munição adequada e substitua mercenários cansados. Reserve explosivos para grupos de inimigos ou posições fortificadas e vasculhe os setores antes de avançar.