O jogador guia Lan por cidades, instalações e redes numa perspectiva superior. No ciberespaço, MegaMan.EXE se movimenta, examina objetos, conversa com personagens, resolve enigmas e enfrenta vírus numa grade de batalha de seis por três casas.

No início de cada batalha, a tela Custom oferece uma seleção limitada de BattleChips. Eles podem atacar, recuperar energia, dar suporte ou ativar transformações. O MegaBuster continua disponível entre as seleções. A progressão libera novos chips, programas NaviCust e Style Changes, além de áreas secretas, missões secundárias e desafios extras.

Monte uma pasta focada em chips com códigos compatíveis para encadear várias ações na mesma tela Custom.

Aprenda os padrões de ataque dos inimigos e permaneça em movimento. Controle o espaço com chips como AreaGrab, guarde os ataques fortes para as aberturas e respeite as regras de posicionamento do NaviCust. Volte às redes antigas depois dos principais eventos da história para encontrar chips melhores e chefes secretos.