O jogador guia Lan por cidades, escolas, casas e outros locais, conectando MegaMan.EXE aos computadores. No ciberespaço, MegaMan atravessa áreas labirínticas, resolve obstáculos simples, coleta itens e enfrenta vírus e chefes.

As batalhas acontecem em uma grade. MegaMan se move em seu lado do campo, dispara o MegaBuster e seleciona Battle Chips da pasta. Os chips atacam, curam, apoiam ou produzem outros efeitos. As vitórias concedem Zenny e às vezes novos chips; o avanço da história libera áreas e inimigos mais fortes.

Monte a pasta em torno de alguns códigos compatíveis, em vez de misturar muitos ataques sem relação. Chips com o mesmo código podem ser escolhidos juntos e tornam os turnos mais consistentes.

Use o terreno e a movimentação para evitar ataques enquanto o medidor Custom carrega. Guarde chips fortes para os chefes e mantenha chips de recuperação disponíveis.