Lan explora o mundo real em visão superior e entra no mundo cibernético por meio de vários dispositivos. MegaMan.EXE percorre uma grade de batalha com três fileiras e seis espaços, enfrenta vírus e resolve mecanismos em áreas temáticas.

As batalhas acontecem em tempo real. MegaMan pode se mover, disparar o MegaBuster e usar Battle Chips da sua pasta. A tela Custom pausa brevemente a ação para a escolha dos chips. Programas NaviCust e formas Cross ampliam suas habilidades.

A história avança com investigações, exploração de áreas, batalhas contra chefes e missões de libertação. Novos chips, programas e formas garantem a progressão, enquanto inimigos opcionais oferecem desafios extras.

Monte uma pasta com códigos de chip compatíveis para que as opções úteis apareçam com frequência na tela Custom. Combine dano com recursos defensivos e de recuperação.

Aprenda os padrões dos inimigos e use o movimento para evitar ataques. Depois de eventos importantes, revisite áreas antigas para encontrar dados escondidos, chips e melhorias.