A ação é apresentada em visão lateral e dividida em setores da estação B.S.L. Samus explora salas, derrota inimigos, supera obstáculos e recebe objetivos nas salas de navegação.

A progressão depende da obtenção de habilidades e melhorias, como mísseis, bombas, a Morfosfera, novos trajes e aprimoramentos de raio. Esses recursos abrem caminhos antes inacessíveis. Salas de salvamento, mapas, elevadores, chefes e perigos ambientais estruturam a exploração.

Explore cada setor de maneira sistemática e consulte o mapa para encontrar salas não visitadas, passagens estreitas e becos sem saída suspeitos. Salve com frequência, sobretudo antes de áreas desconhecidas e chefes.

Atire nas paredes e no chão quando um caminho terminar de forma inesperada. Reserve mísseis para inimigos e chefes resistentes ao raio normal e observe os movimentos de SA-X em vez de tentar enfrentá-lo cedo demais.