O jogador explora cidades, rotas e áreas subterrâneas em visão de cima, avançando a história por meio de batalhas contra treinadores, NPCs e Pokémon selvagens. O combate usa o clássico sistema por turnos, com foco em vantagem de tipos, escolha de golpes e composição da equipe. Conforme a progressão, novas áreas, eventos e inimigos mais difíceis são desbloqueados, e algumas partes dão mais destaque à investigação e a enigmas leves.

Monte uma equipe equilibrada, com boa cobertura de tipos, para não sofrer com fraquezas repetidas. Nas partes mais focadas em história, converse com todos os NPCs e examine objetos ou caminhos suspeitos, pois as pistas costumam controlar o avanço. Em lutas difíceis, leve itens de cura com antecedência e mantenha os níveis do grupo relativamente próximos.