O jogo usa a estrutura tradicional de RPG de Pokémon com visão de cima. O jogador viaja por cidades, rotas, cavernas e ginásios enquanto captura Pokémon selvagens e monta sua equipe. Os combates são por turnos e permitem usar golpes, itens, trocar de Pokémon ou fugir. Por ser uma versão estendida, geralmente adiciona mais Pokémon, batalhas de treinadores ajustadas, novos mapas e sistemas de progressão ligados às insígnias e à história.

Monte cedo uma equipe equilibrada com seis Pokémon e tenha respostas para os tipos Água, Pedra, Terra e Dragão. Como hacks de fãs podem aumentar a dificuldade, mantenha sempre itens de cura e de tratamento de status. Explore bem cada área nova antes de avançar na história para não perder MTs, itens úteis ou recompensas de NPC.