O jogador explora Johto em visão superior, passando por cidades, rotas, cavernas e eventos de história enquanto desafia ginásios. As batalhas são por turnos, com comandos clássicos e regras da Gen 3 para tipos, habilidades, golpes e experiência. O progresso depende da montagem da equipe, ganho de níveis, uso de TMs e gestão de itens.

Monte cedo uma equipe equilibrada para cobrir ameaças comuns como Água, Voador e Terra. Antes de batalhas importantes, leve itens de cura e de status em quantidade suficiente. Se as TMs forem raras, prefira usá-las em membros que ficarão no time por mais tempo.