A exploração usa uma perspectiva vista de cima. O jogador percorre cidades, rotas, cavernas e edifícios, conversa com personagens, coleta itens e avança por uma versão revisada da história de Johto.

As batalhas são por turnos. Os Pokémon usam golpes contra Pokémon selvagens e Treinadores, ganham experiência, sobem de nível, evoluem e aprendem novos golpes. As vitórias nos Ginásios concedem insígnias e liberam o progresso da jornada.

A aventura inclui conteúdo de Johto e Kanto, retornos a áreas antigas quando novas habilidades de campo abrem caminhos, encontros opcionais e eventos ligados à Team Rocket.

Monte uma equipe equilibrada com tipos diferentes e treine vários Pokémon em vez de depender de apenas um.

Leve itens de cura antes de entrar em cavernas ou áreas importantes. Volte a locais anteriores quando uma nova habilidade de campo abrir um caminho e salve antes de batalhas importantes ou encontros raros.