O jogo mantém a exploração em visão superior e o combate por turnos clássicos de Pokémon. O jogador atravessa cidades, rotas e instalações, luta contra treinadores, conquista insígnias e avança na história. As rotas Ordem e Caos alteram os Pokémon iniciais, alguns encontros, a ordem dos ginásios e certos eventos-chave. Mecânicas conhecidas como tipos, golpes, status, composição do time e progressão por insígnias continuam presentes. Uma segunda jogada revela diálogos e desafios diferentes.

Escolha a rota cedo para montar o time de acordo com os Pokémon e combates disponíveis. Procure manter boa cobertura de tipos e leve itens de cura e de status, já que líderes e treinadores podem estar diferentes do original. Salvar antes de decisões importantes ajuda se você quiser ver as duas rotas. Um Pokémon rápido na liderança ajuda a controlar o ritmo das batalhas contra treinadores.