O jogador escolhe Rockman, Blues ou Forte e enfrenta uma série de batalhas contra chefes. Cada confronto ocorre em uma arena única, exigindo observar os padrões de ataque, esquivar-se e contra-atacar no momento certo.

As ações principais são movimentar-se, pular, disparar a arma padrão e usar armas obtidas dos chefes derrotados. O objetivo é concluir a rota escolhida e vencer o adversário final. A estrutura privilegia combates rejogáveis em vez de exploração.

Economize a energia das armas especiais quando sua vantagem não for evidente. A arma padrão ajuda a preservar energia, enquanto uma arma adequada pode encurtar bastante uma luta difícil.

Observe o ritmo dos ataques, use saltos contra golpes previsíveis e não permaneça muito tempo diretamente diante do chefe. Repetir batalhas anteriores ajuda a aprender o momento certo para usar cada arma e a distância segura.