O jogador controla o seaQuest DSV a partir de uma perspectiva de comando subaquático. Os objetivos incluem atravessar áreas oceânicas, investigar situações, responder a eventos das missões e lidar com encontros hostis quando necessário.

A progressão acontece por missões. É preciso adaptar o deslocamento e a operação do submarino aos objetivos de exploração, pesquisa científica ou combate. O ritmo é mais lento e cuidadoso que o de um jogo de ação comum.

Encare cada missão como uma operação com objetivos definidos, não como uma simples sequência de tiroteios.

• Evite combates desnecessários em missões de investigação ou contato.
• Verifique a posição e a situação do submarino antes de encontros perigosos.
• Leia os objetivos com atenção; navegar ou investigar pode ser mais importante que usar armas.