O jogo usa uma perspectiva de rolagem lateral. O jogador conduz Bob Esponja por fases inspiradas na história de Atlântida, atravessa plataformas, evita perigos, derrota inimigos e coleta itens até chegar à saída.

As fases formam uma aventura linear, com obstáculos ambientais e encontros ao longo do caminho. A progressão depende principalmente da conclusão das fases e do avanço da história, sem um sistema amplo de melhorias. A versão para Game Boy Advance é para um jogador.

Observe o layout da fase antes de saltar, principalmente quando inimigos e perigos aparecem próximos.

• Dê prioridade à sobrevivência em vez de itens opcionais.
• Tenha cuidado nas bordas das plataformas e procure o próximo ponto seguro de aterrissagem.
• Em espaços apertados, observe o movimento dos inimigos antes de atacar.