A exploração acontece principalmente em primeira pessoa. O jogador investiga planetas, naves e instalações, recolhe ou examina objetos, interroga personagens e escolhe respostas durante os diálogos.

As missões são organizadas em episódios com objetivos variados, como resolver uma crise, negociar com uma espécie ou impedir uma ameaça. Na ponte, Kirk pode consultar a tripulação da Enterprise e usar os sistemas da nave entre as missões externas. O progresso depende da interpretação das pistas e das decisões tomadas; algumas situações podem causar fracasso ou consequências fatais.

• Examine todos os objetos e converse com todos os personagens antes de escolher uma solução.

• Use o oficial cuja especialidade corresponda ao problema; ciência, medicina, engenharia e comunicações podem revelar pistas diferentes.

• Salve antes de conversas importantes e decisões sobre a equipe de exploração.

• Anote nomes, pedidos e contradições nos diálogos, pois eles costumam ser pistas.