Os jogadores avançam por fases com rolagem lateral, derrotando soldados do Foot Clan, mutantes, robôs e chefes. O joystick controla o movimento, enquanto botões separados realizam ataques e saltos.

Cada tartaruga possui alcance e velocidade de arma próprios. É possível executar ataques aéreos combinando salto e ataque. Depois de perder toda a energia, o jogador pode continuar inserindo outro crédito.

Mantenha-se em movimento para não ser cercado e elimine primeiro os inimigos com projéteis ou explosivos. O alcance de Donatello ajuda a controlar o espaço.

Use ataques durante o salto contra grupos e atinja os chefes durante suas pausas. No modo cooperativo, cubram os dois lados da tela sem se afastarem demais.