As missões são jogadas a partir de uma perspectiva atrás do personagem. É preciso invadir áreas, encontrar alvos, coletar itens e chegar à saída enquanto se controla o nível de alerta dos inimigos.

Rikimaru e Ayame podem usar armas, ferramentas, esconderijos e rotas alternativas. A progressão depende da conclusão das missões e do uso dos equipamentos, com interações pela tela sensível ao toque nas missões da história.

Observe as rotas das patrulhas antes de avançar e não tente enfrentar todos os guardas. Use sombras, cantos, telhados e pontos altos para interromper a linha de visão, atacando apenas inimigos isolados.

Guarde as ferramentas consumíveis para guardas difíceis e objetivos importantes. Quando houver mais de uma rota, verifique primeiro o perímetro; normalmente é mais seguro do que atravessar o centro da área.