Universe é jogado em terceira pessoa por meio de uma interface point-and-click. O jogador conduz Boris por telas fixas ou levemente animadas, examina objetos, conversa com habitantes e guarda itens para usá-los posteriormente.

A progressão depende da resolução de enigmas. É preciso explorar locais conectados, interpretar pistas, usar itens do inventário nos lugares adequados e escolher determinadas opções de diálogo ou interação. A estrutura é em grande parte linear: resolver obstáculos libera novas áreas e faz a história avançar.

• Examine todos os objetos visíveis e revisite os locais depois de acontecimentos importantes.
• Anote itens e pistas; algo aparentemente inútil pode ser necessário em outra área.
• Tente outras opções de diálogo quando um personagem bloquear o avanço e salve antes de ações incertas.
• Se um enigma parecer impossível, confira novamente as salas anteriores e os itens encontrados.