Na camada estratégica, Mega-Primus é apresentada como uma cidade ativa. O jogador administra bases, laboratórios, oficinas, naves, agentes, finanças e relações com organizações, enquanto pesquisa tecnologia alienígena e responde a incidentes.

Os combates decorrem em edifícios, ruas e outros locais da cidade. São realizados em tempo real, com pausa e ordens táticas, permitindo comandar agentes, equipamento, veículos e tecnologia capturada. A pesquisa e a produção ampliam gradualmente as capacidades da organização, enquanto incursões não controladas podem prejudicar a cidade e o apoio político.

Responda rapidamente aos incidentes e mantenha agentes treinados e veículos suficientes para emergências simultâneas. Equilibre laboratórios e oficinas para que as tecnologias pesquisadas possam ser produzidas.

Mantenha relações úteis com as organizações e controle as finanças. Adapte o equipamento ao ambiente da missão, use cobertura e portas durante os confrontos e guarde artefatos alienígenas valiosos para pesquisa em vez de vender tudo imediatamente.