Yoshi atravessa fases de rolagem lateral coletando moedas, flores, estrelas e itens escondidos. Inimigos engolidos podem virar ovos, usados contra adversários, interruptores e elementos do cenário.

A aventura é dividida em mundos com fases, desafios bônus e chefes. Cada bebê possui uma habilidade diferente, então é necessário escolher o passageiro adequado para cada obstáculo. Ao sofrer dano, o bebê cai das costas de Yoshi e pode ser perdido se não for recuperado rapidamente.

Explore os caminhos alternativos e as áreas acima ou abaixo da rota principal. Flores e moedas vermelhas costumam ficar fora do caminho mais óbvio.

Escolha o bebê conforme a situação: Baby Peach ajuda a atravessar grandes vãos, Baby Donkey Kong lida com obstáculos pesados e Baby Wario é útil perto de objetos metálicos. Guarde ovos para interruptores e proteja o bebê antes das batalhas contra chefes.