La exploración utiliza una perspectiva superior y cambia a combates por turnos al encontrar enemigos. Akira conduce el Digi-Beetle por zonas laberínticas para cumplir objetivos, encontrar objetos, reclutar Digimon y localizar la salida, mientras controla el combustible y los daños del vehículo.

Hasta tres Digimon activos luchan contra enemigos salvajes y jefes. Se pueden usar ataques, técnicas, objetos, cambios de miembro y acciones defensivas. Los Digimon ganan experiencia y aprenden técnicas; la DNA Digivolution permite crear formas más poderosas. Las misiones, las mejoras del Digi-Beetle y el acceso a nuevas zonas marcan la progresión.

Forma un equipo equilibrado y no dependas de un solo atributo. Lleva técnicas de curación y apoyo, y aprovecha las debilidades enemigas antes de gastar recursos escasos.

Regresa a la base cuando el Digi-Beetle tenga poco combustible o esté muy dañado. Antes de una DNA Digivolution, revisa las técnicas heredadas para conservar las habilidades útiles.