El jugador explora Digimon Online desde una perspectiva superior, habla con habitantes, abre cofres, supera obstáculos y conecta distintas zonas. Los acontecimientos de la historia, las insignias y los objetos clave desbloquean nuevas áreas.

Los combates son por turnos. Los menús permiten elegir ataques, técnicas, objetos, defensa y cambios de Digimon. Los Digimon ganan experiencia, mejoran sus estadísticas, aprenden técnicas y evolucionan. También hay combates de cartas y actividades secundarias.

Forma un equipo equilibrado en lugar de depender de un solo Digimon. Prepara varias técnicas para aprovechar las debilidades enemigas y usa con frecuencia los puntos de curación en las zonas con muchos combates aleatorios.

Explora los caminos secundarios para encontrar cofres y pistas. Entrena antes de los jefes, guarda la partida antes de eventos importantes y desarrolla Digimon de reserva para los enfrentamientos desfavorables.