El jugador recorre zonas conectadas desde una perspectiva cenital, habla con personajes, acepta misiones, recoge objetos y abre nuevas rutas. Los encuentros aleatorios y los eventos de la historia conducen a combates por turnos.

Los Digimon se pueden reclutar, entrenar, equipar y organizar en un equipo. Las órdenes incluyen ataques, técnicas, objetos, defensa y cambio de miembro. La Digivolution y la de-Digivolution permiten seguir distintas rutas de crecimiento. La Digi-Farm sirve para entrenar y administrar a los compañeros almacenados.

Forma un equipo equilibrado con distintos atributos y tipos de ataque. Entrena a varios Digimon para disponer de reemplazos cuando una debilidad quede expuesta o una Digivolution exija condiciones concretas.

Revisa los requisitos antes de realizar una Digivolution. Algunas rutas necesitan ciertos niveles, estadísticas o técnicas; la de-Digivolution ayuda a conservar formas alternativas y opciones futuras.