La campaña se desarrolla en un mapa de planetas y lunas. El jugador elige una ruta y mueve a Godzilla o Mothra hacia las zonas ocupadas por enemigos. Al llegar a una zona enemiga comienza un combate lateral, y algunos espacios pueden proporcionar objetos o alterar el avance.

Godzilla se basa en ataques cuerpo a cuerpo y saltos, mientras que Mothra ofrece movimientos y ataques distintos gracias al vuelo. Hay que derrotar al monstruo rival para continuar. Los encuentros posteriores son más exigentes y las fases finales culminan en combates contra kaiju poderosos.

Planifica la ruta del mapa en vez de dirigirte automáticamente a cada planeta cercano. Elige el monstruo cuyo movimiento y ataques encajen mejor con el siguiente enfrentamiento.

En combate, mantente en movimiento y aprende el ritmo de los ataques enemigos. Los ataques cercanos de Godzilla son fuertes a corta distancia, mientras que su rayo térmico permite contraatacar desde una posición más segura. El vuelo de Mothra ayuda contra algunos ataques terrestres, pero una mala posición sigue siendo peligrosa.

Conserva energía para los encuentros finales. Contra los jefes suele ser más seguro atacar, retroceder y volver a entrar que intercambiar golpes continuamente.