Las cinco fases se dividen en zonas laterales con enemigos, trampas y jefes. Hayate y Kaede pueden correr, saltar, agacharse, agarrarse a ciertas superficies y atacar con el arma equipada.

Durante las fases se encuentran kusarigama, shuriken y bombas; recoger varias veces el mismo arma puede mejorarla. El progreso depende de alcanzar las salidas y derrotar a los jefes mientras se administran la salud y la munición. En cooperación, los dos ninjas deben permanecer dentro del alcance de la cámara.

Usa la espada contra los enemigos cercanos y reserva las bombas y los shuriken para enemigos acorazados, grupos numerosos y jefes. Recoger repetidamente la misma arma la potencia, así que revisa el terreno antes de cambiar una que todavía sea útil.

Agacharse ayuda contra algunos proyectiles. En plataformas móviles y salientes estrechos, calcula los saltos con cuidado. En el modo para dos jugadores, manteneos cerca para que ningún ninja quede fuera de la cámara o expuesto a los enemigos.