La perspectiva lateral acompaña a Mega Man por ocho fases seleccionables. Debe derrotar enemigos, evitar trampas, recoger objetos y llegar a la sala del jefe de cada zona.

Puede moverse, saltar, subir escaleras, disparar y cargar el Mega Buster. Las armas obtenidas de los jefes crean un sistema de debilidades que influye en el orden de las fases. Tras los ocho Robot Masters comienza una secuencia lineal de fortaleza con los combates finales.

Aprende la posición de enemigos y trampas antes de avanzar deprisa. El disparo cargado es útil contra enemigos resistentes, mientras que conviene reservar la energía de las armas especiales para los jefes.

Aprovecha las debilidades de los jefes para elegir un orden favorable. En la fortaleza, prioriza las posiciones seguras y guarda los E Tanks para las secciones o combates más difíciles.