La acción se desarrolla principalmente desde una perspectiva en tercera persona, con una vista en primera persona para observar el entorno. Snake recorre zonas conectadas, evita a los guardias, reúne armas y tarjetas de acceso y cumple los objetivos de la misión.

Puede arrastrarse, esconderse, distraer enemigos, usar equipos de vigilancia y combatir cuando es necesario. La progresión depende de los acontecimientos de la historia, el equipo, las tarjetas y nuevas capacidades, no de un sistema de niveles.

Observa las rutas de los guardias antes de avanzar y usa el radar fuera de las fases de alerta. Arrastrarse y caminar agachado reduce el riesgo de ser descubierto; golpear una pared o lanzar un cargador vacío puede distraer a un guardia.

Reserva munición para los jefes y usa las raciones antes de que la salud sea crítica. Busca silenciadores, chaleco antibalas, tarjetas y armas opcionales. Durante una alerta, rompe la línea de visión y cambia de escondite en lugar de intentar derrotar a todos los enemigos.