Moon Crystal utiliza una perspectiva lateral. El jugador recorre fases lineales, supera obstáculos, esquiva enemigos y llega al final de cada escena mientras los diálogos y las secuencias animadas desarrollan la historia.

El protagonista puede moverse, saltar, aprovechar elementos del entorno y atacar amenazas. Las fases de plataformas se alternan con persecuciones y trampas, por lo que son importantes tanto la observación como la precisión temporal. La campaña está centrada en la historia y no ofrece modos seleccionables libremente.

Observa los patrones de movimiento de los enemigos y las trampas antes de avanzar. En las zonas peligrosas, espera una oportunidad segura en lugar de moverte con prisa.

Durante las persecuciones, conserva una distancia que permita reaccionar. En pantallas desconocidas, una buena colocación y esquivar suelen ser más fiables que atacar constantemente.