El jugador guía al personaje principal por los niveles disponibles de Naruto Shippuden - Ninja Destiny 2 (USA): moverse, saltar, usar los ataques o habilidades activos, recoger objetos, evitar peligros y llegar a las salidas o a los objetivos del escenario. Prueba la zona inicial para identificar las reglas actuales de movimiento, colisión, enemigos y progresión, ya que la ROM exacta puede diferir de versiones relacionadas.

Empieza en una zona segura y aprende los controles activos, el objetivo, el tiempo y los límites de recursos antes de consolidar el progreso en Naruto Shippuden - Ninja Destiny 2 (USA). Mantén una partida guardada aparte para esta plataforma y versión exactas, conserva un estado antes de los jefes, las transiciones largas o las decisiones importantes cuando sea compatible, y anota la etiqueta de la ROM, la pantalla y la acción cuando el comportamiento difiera del de una versión relacionada.