Los combates se desarrollan en un tablero bidimensional donde caen grupos de Puyos. El jugador mueve y gira parejas, conecta cuatro o más Puyos del mismo color y crea cadenas. Las cadenas envían Puyos de basura Ojama al rival. En el juego competitivo hay que llenar el tablero contrario sin perder el control del propio.

El modo aventura presenta un mapa para explorar y encuentros que utilizan las reglas de Puyo Puyo. Hay que recorrer zonas, luchar contra enemigos, comprar o encontrar objetos útiles y avanzar en el escenario. Otros modos conservan los enfrentamientos tradicionales y ofrecen distintas reglas y contenido relacionado con la serie.

Siempre que sea posible, construye cadenas en lugar de eliminar grupos aislados de inmediato. Deja espacio bajo las piezas que caen para preparar una cadena y evita llenar demasiado pronto el centro del tablero.

En los enfrentamientos, observa la basura Ojama que prepara el rival y no hagas colocaciones precipitadas. En el modo aventura, explora bien las zonas antes de los combates difíciles y aprovecha las tiendas y los objetos disponibles. Las cadenas constantes y controlables suelen ser más seguras que una única apuesta enorme.