El jugador recorre un mapa de la ciudad y elige las fases. En cada nivel debe avanzar, rescatar rehenes, recoger objetos, derrotar enemigos y superar jefes hasta llegar al enfrentamiento final contra Shredder.

Las cuatro tortugas pueden alternarse durante la partida. Se diferencian por su velocidad y alcance de ataque, y una tortuga derrotada no puede utilizarse hasta ser rescatada. La pizza recupera salud, mientras que las armas especiales son más potentes, pero tienen munición limitada.

Usa a Donatello cuando necesites atacar desde una distancia segura. Michelangelo y Raphael son más útiles en combates cercanos y rápidos. Cambia de tortuga antes de que se quede sin salud para conservar alternativas.

Busca pizzas, armas especiales y lugares de rescate. Guarda las armas especiales para los jefes o los grupos numerosos, aprende los patrones enemigos y avanza con cuidado cerca del agua y de las plataformas móviles.