La acción se muestra desde una perspectiva lateral y se divide en ocho fases lineales. Hay que derrotar oleadas de soldados del Foot y monstruos, evitar peligros y vencer al jefe al final de cada zona. Las vidas y la salud deben administrarse durante el recorrido.

El jugador elige una de las cuatro Tortugas. La cruceta mueve y agacha al personaje, B ataca y A salta. Al pulsar A+B a la vez se realiza un ataque especial que consume salud. El modo para dos jugadores permite avanzar juntos, y la comida que dejan algunos enemigos recupera salud. Las armas cambian el alcance y el ritmo del ataque básico.

Donatello resulta útil para mantener la distancia, mientras que Michelangelo y Raphael funcionan bien en combates cerrados. Ataca a los grupos desde el borde en lugar de saltar directamente al centro.

Reserva el ataque especial para los jefes o los grupos peligrosos, ya que consume salud. En cooperativo, manteneos lo bastante cerca para ayudaros, pero evitad quedar rodeados a la vez. Aprende los patrones de los jefes y elimina primero a los enemigos capaces de atacar desde lejos.