Las misiones se juegan desde una perspectiva situada detrás del personaje. Hay que infiltrarse, localizar objetivos, recoger objetos y alcanzar la salida mientras se controla el nivel de alerta de los enemigos.

Rikimaru y Ayame pueden usar armas, herramientas, escondites y rutas alternativas. El progreso depende de completar misiones y utilizar el equipo, con interacciones mediante la pantalla táctil en las misiones de la historia.

Observa las rutas de las patrullas antes de avanzar y no intentes luchar contra todos los guardias. Usa sombras, esquinas, tejados y zonas elevadas para cortar la línea de visión, y ataca a los enemigos aislados.

Reserva las herramientas consumibles para los guardias difíciles y los objetivos importantes. Cuando existan varias rutas, revisa primero el perímetro: suele ser más seguro que cruzar directamente por el centro.