El juego utiliza una perspectiva cenital. Link explora Hyrule, derrota enemigos, entra en mazmorras, consigue llaves y objetos, resuelve mecanismos y llega a los jefes. El Mundo de la Luz y el Mundo de las Tinieblas presentan rutas y lugares distintos, y las acciones realizadas en uno pueden afectar al progreso en el otro.

La progresión depende del equipo, los contenedores de corazón, los pendientes, los cristales y las herramientas especiales. La espada, el escudo, el bumerán, las bombas, el arco y el gancho amplían las opciones de combate y exploración. No está confirmado qué contenido de Four Swords incluye la entrada Cezar.

Explora cada zona a fondo y vuelve a los lugares anteriores después de conseguir objetos nuevos. Muchas cuevas y caminos solo se abren más adelante.

En las mazmorras, conserva las llaves y revisa las paredes sospechosas. Mejora la espada, la armadura, las botellas y el máximo de corazones cuando sea posible. Lleva hadas o pociones curativas antes de los jefes difíciles.