La mayoría de las fases se juegan con perspectiva lateral. El jugador mueve al héroe, derrota enemigos, evita peligros, recoge mejoras y llega a un jefe o al objetivo. Simon y el Dr. Wily realizan las acciones principales, mientras que algunas fases cambian el formato habitual de plataformas.

Las fases se inspiran en varias series de Konami e incluyen disparos, vehículos y otras secuencias especiales. El progreso es principalmente lineal, con nuevas zonas y encuentros a medida que se avanza. Las secciones compatibles permiten jugar a dos jugadores; el segundo controla al Dr. Wily.

Aprende primero el ritmo de cada fase antes de avanzar deprisa. Como el movimiento y los peligros cambian entre zonas, conserva vidas y mejoras para las partes menos conocidas.

En el modo para dos jugadores, vigilad ambos lados de la pantalla y evitad que un personaje se adelante demasiado. Contra los jefes, prioriza los movimientos seguros y ataca durante sus aperturas.