Yoshi recorre fases de desplazamiento lateral mientras recoge monedas, flores, estrellas y objetos ocultos. Los enemigos tragados se convierten en huevos que sirven para atacar enemigos, activar interruptores y resolver obstáculos del escenario.

La aventura se divide en mundos con fases, desafíos extra y jefes. Cada bebé proporciona una habilidad distinta, por lo que hay que escoger el pasajero adecuado para cada obstáculo. Al recibir daño, el bebé cae de la espalda de Yoshi y puede perderse si no se recupera a tiempo.

Revisa las bifurcaciones y las zonas situadas encima o debajo del camino principal. Las flores y monedas rojas suelen estar fuera de la ruta más evidente.

Usa cada bebé según la situación: Bebé Peach ayuda a cruzar grandes huecos, Bebé Donkey Kong se ocupa de obstáculos pesados y Bebé Wario resulta útil cerca de objetos metálicos. Guarda huevos para los interruptores y protege al bebé antes de los combates contra jefes.