Blackthorne é jogado em uma perspectiva lateral por áreas conectadas do planeta Tuul. Os objetivos são explorar, derrotar inimigos, encontrar chaves ou interruptores, resgatar Gavemen e alcançar a saída.

Kyle pode correr, pular, agachar-se, subir escadas, atirar em várias direções e usar certos objetos do ambiente. O progresso depende de observar os padrões dos inimigos, escolher boas posições e resolver pequenos quebra-cabeças ambientais. A versão de SNES apresenta fases lineares e usa senhas para continuar, em vez de um sistema de salvamento.

Encare cada tela como um desafio de posicionamento, sem avançar às pressas. Prepare a espingarda antes de entrar em áreas abertas, use o agachamento ou a cambalhota para evitar ataques e atire de ângulos seguros.

Procure caminhos laterais em busca de chaves, interruptores, munição e Gavemen. Aprenda os padrões dos inimigos e contorne perigos quando enfrentá-los for arriscado demais.