O jogador controla Mario em fases 3D no estilo de Super Mario 64, pulando, explorando e coletando objetivos para avançar. Ao apertar L, Cappy é lançado para a frente; se atingir um inimigo ou certos objetos, Mario pode assumir o controle do alvo e ganhar novas habilidades. Sem alvo disponível, Cappy gira e mantém Mario brevemente no ar, ajudando a ajustar saltos e corrigir a trajetória. A progressão é baseada em fases de missão, desafios de plataforma e quebra-cabeças ambientais.

Aprenda primeiro o alcance do arremesso e o timing de captura do Cappy, pois muitos caminhos dependem disso. Em saltos difíceis, use Cappy para estabilizar a posição no ar antes de emendar o salto duplo. Sempre que possível, capture inimigos, já que alguns tornam muito mais fácil atravessar grandes vãos ou alcançar áreas altas.