O jogo usa uma perspectiva lateral em fases de plataforma bidimensionais. Em cada aventura, várias fases de Robot Masters podem ser escolhidas em uma ordem geralmente livre.

Mega Man corre, pula, sobe escadas, atira e usa armas especiais obtidas dos chefes derrotados. Cada arma tem propriedades diferentes, e algumas exploram a fraqueza de um chefe específico. Depois dos três remakes, Wily Tower é liberada com batalhas adicionais e uma seleção de armas que deve ser planejada.

Observe os movimentos dos chefes antes de gastar a munição das armas especiais. O Mega Buster continua sendo uma opção confiável quando uma arma não é adequada.

Procure os tanques de energia e escolha uma ordem de fases que forneça armas úteis cedo. Em Wily Tower, planeje o conjunto de armas antes de entrar, pois os confrontos exigem escolhas cuidadosas.