A perspectiva é vista de cima e as batalhas são por turnos. O jogador explora cidades, rotas, cavernas e outras áreas, captura Pokémon, treina uma equipe, coleta itens e enfrenta Líderes de Ginásio, rivais e outros treinadores.

A maioria dos Ginásios pode ser enfrentada em ordens diferentes, e o nível dos adversários se adapta ao progresso. É possível viajar entre Johto e Kanto, começar em vários locais e continuar explorando depois dos objetivos principais. As batalhas usam quatro golpes, vantagens de tipo, alterações de status, evolução e gerenciamento da equipe.

Monte uma equipe com tipos variados e mantenha vários Pokémon em um nível adequado para a próxima batalha importante. Como a progressão é livre, aproveite as vantagens de tipo em vez de depender apenas de níveis altos.

Explore cuidadosamente para encontrar itens escondidos, TMs úteis e encontros opcionais. Leve itens de cura e escolha com atenção quais Pokémon aprenderão golpes de campo.