Planeje a campanha no mapa, mova as unidades SD Gundam disponíveis, resolva batalhas e avance em direção ao objetivo de unificação indicado pelo cenário atual. A escolha de unidades e a ordem dos territórios afetam batalhas posteriores, então o jogo não é apenas uma sequência de combates isolados.

Explore o próximo território, mantenha uma reserva para um contra-ataque e salve o jogo antes de escolher uma rota ou posicionar uma unidade-chave. Compare os rótulos de comando da sequência com os avisos japoneses carregados em vez de presumir a ordem exata do menu do primeiro jogo.