A perspectiva é lateral e bidimensional. Cada fase exige alcançar a bandeira final enquanto o jogador evita inimigos, buracos, plataformas móveis e armadilhas dos castelos.

Mario e Luigi podem correr, pular, esmagar inimigos, coletar moedas, usar melhorias e entrar em canos. Mario tem controle mais estável; Luigi pula mais alto, mas escorrega mais. Os mundos incluem salas secretas, áreas de warp, bônus e mundos especiais. As vidas e os continues determinam como a partida prossegue depois de uma derrota.

Avance devagar em áreas desconhecidas e verifique buracos suspeitos com saltos curtos. Guarde melhorias sempre que possível e observe o ritmo do vento e das plataformas móveis antes de prosseguir.

Luigi ajuda a alcançar plataformas altas, enquanto Mario é mais fácil de controlar em passagens estreitas. Repita as partes difíceis até memorizar uma rota segura.