O jogo usa visão lateral e estrutura por fases. É possível escolher Leonardo, Michelangelo, Donatello ou Raphael, e cada um tem velocidade, alcance e golpes especiais próprios, mudando a forma de lidar com grupos de inimigos. A progressão é dividida em estágios com inimigos comuns, alguns perigos e chefes no fim. O controle gira em torno de movimento, salto, ataques básicos e golpes especiais ou combos. Posicionamento e controle de multidões são fundamentais.

Escolha a tartaruga que combine com seu estilo, principalmente em velocidade ou alcance. Contra grupos, mova-se lateralmente para não ser cercado. Ataques em salto ajudam a entrar e sair com segurança. Guarde golpes especiais de área para momentos críticos ou quando houver muitos inimigos. Contra chefes, espere a abertura e não force demais os ataques.