A perspectiva lateral acompanha fases com rolagem horizontal. O objetivo é derrotar grupos do Foot Clan, evitar perigos, coletar itens e vencer um chefe no fim de cada fase.

Há modos para um jogador e cooperativo para dois. Os personagens podem andar, pular, atacar, usar uma técnica especial e recolher armas ou aprimoramentos. A progressão ocorre por fases, levando ao confronto final com Shredder.

Prefira ataques com alcance seguro e evite ficar entre vários inimigos. Guarde os ataques especiais para grupos grandes e chefes.

No modo cooperativo, controlem os dois lados da tela sem se afastarem demais. Aprendam os padrões dos chefes em vez de trocar golpes continuamente.