O jogo usa uma perspectiva 3D em terceira pessoa. É preciso explorar áreas temáticas, superar obstáculos, derrotar inimigos, coletar Jiggies e notas musicais e usar itens ou habilidades para abrir novos caminhos.

A progressão segue a estrutura dos jogos de plataforma focados em coleta. Exploração, desafios de movimentação, quebra-cabeças e habilidades dos personagens são combinados para cumprir objetivos e alcançar novas partes da aventura.

Explore cada área cuidadosamente antes de avançar. Aprenda o mapa enquanto coleta notas e itens visíveis, pois alguns locais precisam ser revisitados depois que novas habilidades forem obtidas.

Use as diferentes opções de movimento de Banjo e Kazooie para examinar obstáculos de vários ângulos. Procure Jiggies e caminhos alternativos em plataformas elevadas, cantos e lugares aparentemente inacessíveis.