Cidades, campos e a maioria das masmorras são explorados com visão superior. Link se movimenta, ataca usando gestos da caneta, utiliza itens e resolve enigmas do ambiente.

O mundo exterior é percorrido de trem. O jogador desenha rotas entre estações, regula a velocidade e evita perigos e inimigos. Na Tower of Spirits, Zelda controla Phantoms para resolver enigmas junto com Link.

Novos itens, masmorras concluídas, trilhos restaurados e melhorias no trem liberam o progresso. A aventura principal é para um jogador e inclui atividades opcionais de coleta.

Planeje as rotas do trem antes de partir e consulte o mapa para localizar perigos. Nas masmorras, marque interruptores, baús e caminhos ainda não explorados.

Escolha o Phantom controlado por Zelda de acordo com o obstáculo. Colete Force Gems e melhore o trem quando possível.

Observe os padrões dos chefes antes de atacar e use o novo item da masmorra no momento correto.