A ação é apresentada em uma perspectiva lateral com rolagem. O objetivo é conduzir a Tartaruga escolhida por fases lineares, derrotar os soldados do Foot Clan, evitar perigos e alcançar o chefe no fim de cada fase.

O jogador se movimenta, pula e ataca com a arma do personagem. As quatro Tartarugas apresentam pequenas diferenças de alcance e controle, mas não possuem sistema de experiência ou evolução de equipamento. O progresso acontece ao concluir as fases em sequência.

Aprenda o ritmo de ataque de cada Tartaruga antes de avançar contra grupos de inimigos. Use os saltos para controlar o posicionamento e mantenha distância dos chefes sempre que o cenário permitir.

Escolha Donatello quando o alcance for mais importante; Raphael e Michelangelo funcionam melhor em combates próximos. Evite contato desnecessário com inimigos comuns para preservar energia para os chefes.