A ação é vista de lado, em fases consecutivas cheias de Foot Soldiers, mutantes, robôs e armadilhas. Cada Tartaruga pode se mover, pular, atacar, usar um golpe especial, pegar inimigos ou objetos e arremessá-los.

O modo principal acompanha uma aventura linear através do tempo, com chefes ao final de algumas fases. Há um modo cooperativo para dois jogadores, e a versão de SNES também inclui um modo Versus. O progresso depende de derrotar ondas de inimigos e aprender as armadilhas e padrões dos chefes.

Use arremessos quando os inimigos estiverem agrupados para eliminá-los rapidamente. Ataques aéreos ajudam contra alvos difíceis; o golpe especial consome vida e deve ser guardado para grupos perigosos.

Aprenda os padrões dos chefes em vez de trocar golpes. No modo cooperativo, dividam os inimigos e evitem arremessá-los na direção do parceiro.