Las ciudades, los campos y la mayoría de las mazmorras se exploran desde una perspectiva cenital. Link se mueve, ataca con gestos del lápiz, usa objetos y resuelve puzles ambientales.

El mundo exterior se recorre en tren. El jugador dibuja rutas entre estaciones, ajusta la velocidad y evita peligros y enemigos. En la Tower of Spirits, Zelda controla Phantoms para resolver puzles junto a Link.

Los nuevos objetos, las mazmorras superadas, las vías restauradas y las mejoras del tren permiten avanzar. La aventura principal es para un jugador y ofrece actividades opcionales de colección.

Planifica las rutas del tren antes de partir y consulta el mapa para localizar peligros. En las mazmorras, marca interruptores, cofres y caminos sin explorar.

Elige el Phantom que controla Zelda según el obstáculo. Reúne Force Gems y mejora el tren siempre que sea posible.

Observa primero los patrones de los jefes y usa el objeto conseguido en la mazmorra en el momento adecuado.